ในซีซันนี้ เบ็นและรูคต้องเผชิญกับการรุกรานครั้งใหญ่จากกองทัพ “อินเคอร์เซียน” นำโดยเจ้าหญิงอาเธียที่เข้ามายึดครองโลก จนเบ็นต้องกลายเป็นฝ่ายหลบหนีและรวบรวมพันธมิตรเพื่อทวงคืนโลกกลับมา ...

ในซีซันนี้ เบ็นและรูคต้องเผชิญหน้ากับศัตรูตัวฉกาจอย่าง “มัลแวร์” ที่กลับมาล้างแค้นด้วยพลังที่น่ากลัวกว่าเดิม พร้อมการเปิดตัวเอเลี่ยนตัวใหม่ๆ และการย้อนอดีตไปดูช่วงเวลาที่เบ็นอายุ 11 ...