ในซีซันนี้ เบ็นและรูคต้องเผชิญหน้ากับศัตรูตัวฉกาจอย่าง “มัลแวร์” ที่กลับมาล้างแค้นด้วยพลังที่น่ากลัวกว่าเดิม พร้อมการเปิดตัวเอเลี่ยนตัวใหม่ๆ และการย้อนอดีตไปดูช่วงเวลาที่เบ็นอายุ 11 ปี ซึ่งเผยให้เห็นต้นกำเนิดของความขัดแย้งที่ส่งผลมาถึงปัจจุบัน รวมถึงการต่อสู้ในอันเดอร์ทาวน์ที่เข้มข้นยิ่งขึ้น