เรื่องราวเริ่มต้นขึ้นเมื่อโนบิตะประกาศกร้าวว่าจะออกตามหามหาสมบัติที่ยังไม่มีใครค้นพบ โดยมีโดราเอมอนนำทางด้วยเรือ “โนบิตะมาร่า” พร้อมด้วยของวิเศษล้ำสมัย แต่ในระหว่างการเดินทาง พวกเขาถูกโจมตีโดยกลุ่มโจรสลัดจากอนาคต และชิซุกะถูกลักพาตัวไป! โนบิตะและผองเพื่อนจึงต้องร่วมมือกับ “ฟล็อค” เด็กชายช่างกลลึกลับเพื่อบุกไปยังเกาะมหาสมบัติที่แท้จริง ซึ่งซ่อนความลับเกี่ยวกับการล่มสลายของโลกเอาไว้