เรื่องราวเกี่ยวกับตำรวจน้ำดี 3 นายที่ไม่ค่อยจะ “เพอร์เฟค” เท่าไหร่ แต่ถูกเรียกตัวให้เข้ามารับภารกิจลับภายใต้ โค้ดรหัส “จอห์นนี่” เพื่อเปิดเผยตัวตนของผู้บงการที่อยู่เบื้องหลังองค์กรอาชญากรรมชื่อ B64 ซึ่งแทรกซึมเข้ามาในสำนักงานตำรวจ

สมาชิกในทีมประกอบด้วย ศักดิ์ และ นุ่ม ที่เคยเป็นอดีตคนรักกัน ทำให้ความสัมพันธ์ในทีมเป็นอุปสรรคที่ยากไม่แพ้ภารกิจ จ่าหมี ที่ได้รับผลข้างเคียงจากภารกิจลับครั้งก่อน ทำให้มีอาการคุ้มดีคุ้มร้ายชอบกล

แม้ว่าภารกิจจะอันตรายและทรหด แต่ “โคตรทีมรหัสลับ จอห์นนี่” ก็ไม่ยอมให้อุปสรรคใด ๆ มาขัดขวางการพิชิตภารกิจนี้ได้