ดร.เอ็มม่า คอลลินส์ นักชีววิทยาทางทะเลและทีมงานกำลังศึกษาวิจัยผลกระทบของภาวะโลกร้อนบนเกาะเล็กๆ ชื่อลิตเติ้ลแฮปปี้ แต่ความสงบสุขก็จบลงเมื่อกลุ่มทหารรับจ้างปรากฏตัวขึ้นเพื่อตามล่า ฉลามหัวค้อนยักษ์ 3 ตัวที่ถูกดัดแปลงพันธุกรรมให้ฉลาดและดุร้ายผิดปกติ พวกมันหลบหนีมาจากสถานวิจัยในภาคก่อนและกำลังมุ่งหน้ามาที่เกาะนี้ เอ็มม่าและทีมต้องร่วมมือกับผู้มาเยือนเพื่อเอาชีวิตรอดจากเหล่านักฆ่าเลือดเย็นใต้สมุทรที่ฉลาดพอจะวางแผนถล่มฐานวิจัยให้จมลงสู่ก้นทะเล