กองกำลังป้องกันตนเองของญี่ปุ่นได้พัฒนาอาวุธลับ “Dimension Tide” เครื่องยิงหลุมดำขนาดเล็กเพื่อหวังจะกำจัดก็อดซิลล่าให้หายไปตลอดกาล แต่ในการทดสอบเดินเครื่อง รอยแยกของมิติได้ทำให้แมลงดึกดำบรรพ์อย่าง “เมกานูลอน” หลุดรอดออกมาและแพร่พันธุ์อย่างรวดเร็ว จนวิวัฒนาการกลายเป็นอสูรกายบินได้สุดอันตรายอย่าง “เมก้ากีรัส” (Megaguirus) ที่มีความเร็วเหนือเสียงและสามารถดูดพลังงานปรมาณูจากตัวก็อดซิลล่ามาเป็นของตนเองได้