ซีซัน 4 เป็นการเปลี่ยนแนวเรื่องครั้งใหญ่ จากการแหกคุกมาเป็นการทำงานร่วมกับรัฐบาลเพื่อทำลาย “เดอะ คอมพานี” (The Company)

ไมเคิลและลินคอล์นได้รับการว่าจ้างจากเจ้าหน้าที่กระทรวงความมั่นคงแห่งมาตุภูมิ (DHS) โดนัลด์ เซลฟ์ (Donald Self) ให้รวบรวมทีมเดิม (รวมถึง Mahone, Sucre, และ Bellick) เพื่อปฏิบัติภารกิจลับในการขโมย “Scylla” (สคิลลา) ซึ่งเป็นสมุดบัญชีดำที่เก็บความลับทั้งหมดของ The Company เพื่อแลกกับอิสรภาพและการพ้นโทษอย่างสมบูรณ์

ซีซันนี้เต็มไปด้วยการจารกรรมข้อมูล การไล่ล่า และการหักหลัง ท้ายที่สุดแล้วเรื่องราวหลักจบลงด้วยตอนที่ 22 ตามด้วยภาพยนตร์พิเศษ The Final Break ที่ฉายแยกเพื่อสรุปชะตากรรมสุดท้ายของ ไมเคิล สกอฟิลด์ และ ลินคอล์น เบอร์โรวส์