สิบปีหลังเหตุการณ์ The Phantom Menace ความตึงเครียดในกาแล็กซีทวีความรุนแรงขึ้น เมื่อหลายระบบดาวแยกตัวออกจากสาธารณรัฐและก่อตั้ง สมาพันธ์แบ่งแยกดินแดน นำโดย เคานต์ ดูกู (Christopher Lee)
เจได โอบีวัน เคโนบี ได้สืบพบความลับเกี่ยวกับ “กองทัพโคลน” ที่ถูกสร้างขึ้นโดยลึกลับ ขณะเดียวกัน อนาคิน สกายวอล์คเกอร์ ซึ่งเติบโตขึ้นมาแล้วเริ่มฝึกเป็นเจไดเต็มตัว ก็ตกหลุมรักเจ้าหญิง แพดเม่ อมิดาลา ความสัมพันธ์และพลังด้านมืดเริ่มก่อตัว จนนำไปสู่สงครามโคลนครั้งใหญ่