เรื่องราวผ่านไปหลายสิบปีหลังจากสงครามสิ้นสุดลง “นีโอ” หรือในชื่อ “โธมัส แอนเดอร์สัน” กลับไปใช้ชีวิตเป็นนักสร้างเกมชื่อดังในโลกจำลอง แต่เขากลับรู้สึกว่าความจริงที่เห็นมันมีอะไรผิดปกติ จนกระทั่งเขาได้พบกับกลุ่มคนรุ่นใหม่ที่พาเขาออกมาจากวงจรเดิมอีกครั้ง นีโอต้องออกตามหา “ทรีนิตี้” และเผชิญหน้ากับความจริงในโลกที่เปลี่ยนไป พร้อมกับศัตรูใหม่ที่แข็งแกร่งและแยบยลกว่าเดิม