เรื่องราวเกิดขึ้นก่อนเหตุการณ์ในทีวีซีรีส์ “มุซาชิ” เด็กชายผู้เชื่อมั่นในตัวตนของมนุษย์ยักษ์และสัตว์ประหลาด ได้พบกับ อุลตร้าแมนคอสมอส ที่ได้รับบาดเจ็บจากการต่อสู้กับมนุษย์ต่างดาว “บัลตั้น” มุซาชิได้ช่วยมอบพลังงานให้คอสมอสจนฟื้นตัว และเกิดเป็นสายสัมพันธ์ครั้งแรก เมื่อบัลตั้นบุกโจมตีโลก มุซาชิจึงต้องร่วมมือกับคอสมอสเพื่อหยุดยั้งสงครามและหาทางออกอย่างสันติวิธี