โนบิตะได้พบกับต้นกล้าเล็กๆ และใช้ “น้ำยาเร่งการเจริญเติบโตแบบมีชีวิต” จนต้นกล้ากลายเป็นสิ่งมีชีวิตและตั้งชื่อว่า “คีโบ” ต่อมาพวกเขาถูกดึงไปยัง “ดาวเคราะห์สีเขียว” ที่ปกครองโดยเหล่าพฤกษาซึ่งโกรธแค้นมนุษย์ที่ทำลายสิ่งแวดล้อมบนโลก เหล่าพฤกษาแผนที่จะดึงเอาพลังงานสีเขียวทั้งหมดกลับคืนมา ซึ่งจะทำให้มนุษย์สูญสิ้น โนบิตะและคีโบจึงต้องร่วมมือกันพิสูจน์ให้เห็นว่ามนุษย์และธรรมชาติสามารถอยู่ร่วมกันได้เพื่อหยุดยั้งตำนานยักษ์พฤกษาที่กำลังจะตื่นขึ้น