แพดดิงตัน ได้รับจดหมายจากบ้านพักหมีเกษียณอายุในเปรู แจ้งว่า ป้าลูซี่ (Aunt Lucy) คิดถึงเขามากและมีพฤติกรรมแปลกไป แพดดิงตันและครอบครัวบราวน์ (Brown family) จึงตัดสินใจเดินทางจากลอนดอนกลับไปยังถิ่นกำเนิดของแพดดิงตันที่เปรูเพื่อไปเยี่ยมป้าลูซี่

เมื่อไปถึง ทั้งหมดกลับพบว่าป้าลูซี่หายตัวไปอย่างลึกลับ การผจญภัยสุดตื่นเต้นจึงเริ่มต้นขึ้น โดยครอบครัวบราวน์และแพดดิงตันต้องเดินทางตามหาป้าลูซี่ ผ่านป่าฝนอะเมซอนที่อันตราย และขึ้นไปบนยอดเขาสูงของเปรู ซึ่งการเดินทางครั้งนี้ยังนำพวกเขาไปสู่การค้นพบความลับและสมบัติในตำนานของเมืองที่สาบสูญอย่าง เอลโดราโด (El Dorado) ด้วย