หลังสงครามโลกครั้งที่สอง องค์กร นินจาญี่ปุ่น ที่เคยรุ่งเรืองถูกยุบโดย GHQ จนเหมือนว่านินจาจะหายไปจากหน้าประวัติศาสตร์ ทว่าความจริงแล้วพวกเขายังคงมีอยู่ในเงามืดมากถึง 200,000 คน โดยนินจาระดับสูงทำหน้าที่ลับๆ ในการปกป้องและขับเคลื่อนการต่อสู้เชิงยุทธศาสตร์ระดับชาติ ในขณะที่นินจาระดับล่างจำนวนมากต้องดิ้นรนเอาตัวรอดเหมือนคนตกงาน

หนึ่งในนั้นคือ ยูนยิน จิอุโร่ (Yun Yin Jiu Lang) ที่ใช้ชีวิตไร้ทิศทางแบบ NEET แต่ชะตากลับเปลี่ยนไปเมื่อเขาได้รับ “ภารกิจลับ” ที่อาจชี้ชะตาชีวิต และเกี่ยวพันกับ นิโนมารุ (Ninomaru) จุดเริ่มต้นของการต่อสู้สายเลือดนินจาที่โลกไม่เคยเห็น