เรื่องราวต่อเนื่องจากภาค Godzilla Against Mechagodzilla (2002) เมื่อ “คิริว” (เมก้าก็อดซิลลาที่สร้างจากโครงกระดูกของก็อดซิลลาตัวแรก) อยู่ในระหว่างซ่อมแซม ฝาแฝด “คอสโม” จากเกาะอินฟันท์ได้มาเตือนมนุษย์ว่า การนำกระดูกของผู้วายชนม์มาสร้างอาวุธเป็นการขัดต่อวิถีธรรมชาติ และ “มอสรา” จะเป็นผู้ปกป้องญี่ปุ่นเองหากมนุษย์ทำลายคิริวทิ้ง แต่ทว่าเมื่อก็อดซิลลาบุกโตเกียวอีกครั้งด้วยความดุร้าย มนุษย์จึงต้องเลือกระหว่างความทิฐิในการพึ่งพาเทคโนโลยีจักรกล หรือการยอมรับพลังแห่งธรรมชาติเพื่อเอาชีวิตรอด